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开云-研究构建绵羊和山羊肠道高质量微生物基因组数据库—新闻—科学网

发布日期:2024-06-23 作者:开云

近日,西北农林科技年夜开云体育app学羊遗传改进与生物育种团队联袂国表里多家科研机构,在绵羊和山羊肠道微生物基因组数据库构建和肠道粘卵白和多糖代谢功能菌种发掘方面获得进展,研究功效颁发在Microbiome上。

研究团队在全国规模内的32个羊场搜集了来自21个绵羊和山羊品种总计320个肠道样本,别离构建了包括1.6亿和8万万非冗余基因的绵羊和山羊肠道微生物基因集目次SMGC和GMGC,其数据笼盖率高达80%。对照阐发发现,山羊和绵羊肠道微生物基因集中同享了4900万个非冗余基因和1138个菌种,研究具体解析了绵羊和山羊后肠微生物在多糖和黏卵白代谢通路中的功能差别,并揭露了豢养情况对山羊肠道微生物布局和功能的潜伏影响。

经由过程Binning组装手艺,团队构建了具有5810个中高质量微生物基因组的数据库,此中包罗38个菌株级此外基因组和3149个物种级此外基因组,且从中辨认出2661个先前未经确认的新型细菌。这一数据库的成立使GTDB基因组数据库的细菌多样性提高了约9.3%。研究在绵羊肠道中辨别出91个特异性定植的细菌,其基因组富含年夜量与黏卵白代谢相干的功能基因和多糖操纵位点,有力证实了绵羊独有的微生物群在代谢黏卵白和多糖方面的壮大功能潜力。

绵羊和山羊肠道微生物基因集和代谢聚糖和黏卵白的功能特征。

特异定植在绵羊的91个细菌的系统发育树和其多糖操纵位点。(课题组供图)

相干论文信息:https://doi.org/10.1186/s40168-024-01806-z

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