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开云-细胞用量大幅减少,新技术提升单分子DNA测序水平—新闻—科学网

发布日期:2024-07-07 作者:开云

美国格拉德斯通研究所团队开辟了两种新的单份子阐发东西,可将所需的DNA量削减90%至95%。该研究功效颁发在最新一期《天然 遗传学》杂志上,展现了这些东西若何帮忙科学家解决他们之前没法回覆的生物学问题。

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单份子及时测序示意图。图片来历:《天然 遗传学》

单份子阐发的开云体育app黄金尺度方式凡是需要最少150000小我类细胞,此中包括数百万个单个DNA份子。这意味着研究人员在只有几千个细胞可用时,底子没法利用这些东西,例如在很多肿瘤活检中。

团队此次开辟的新东西被称为“单份子及时标识表记标帜测序”(简称SMRT-Tag),它可同时绘制长DNA片断中的碱基序列,和DNA长度上称为甲基的化学布局位置。甲基在基因表达中起着要害感化,人们想要领会疾病,就需要领会它们在DNA上的设置装备摆设体例。

团队采取了全新“标识表记标帜”方式,即操纵细菌卵白Tn5将DNA份子切割成更容易在处置的片断,并用进一步阐发所需的化学成份对其进行“标识表记标帜”。研究面对的挑战是要让“标识表记标帜”能恰如其分地将少许DNA分化成约3000到5000个碱基对的长片断。他们用发夹状布局“标识表记标帜”每一个片断的结尾,构成便在测序仪读取的长DNA环。

研究证实,SMRT-Tag方式的机能与此前方式一样好,但利用的DNA量要少很多,相当在在10000个细胞中发现的DNA量。

接下来,团队将SMRT-Tag与他们之前开辟的名为SAMOSA方式连系起来。SAMOSA可揭露基因表达机制若何轻松拜候分歧DNA片断。为了证实全新的“SAMOSA-Tag”东西的能力,他们将其利用在前列腺癌细胞(一些来自患者的初始肿瘤,一些来自已分散到身体分歧位置的肿瘤),这些细胞已被移植并在小鼠体内发展。该方式成功揭露了染色质可和性差别,这暗示了癌症转移的可能要害驱动身分。

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